A fundação da Cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro está intimamente ligada à Fortaleza de São João, formada pelos fortes-redutos de São Martinho, São
Teodósio, São José e São Diogo. Nesse local, em 1565, o Capitão-Mor Estácio de
Sá desembarcou com sua tropa numa praia entre o Pão de Açúcar e o morro Cara de
Cão, para reintegrar a ocupação territorial de Portugal, levantando um fortim.
Os portugueses perceberam que, para defender a terra, seria necessário criar uma
povoação junto à Guarda de Defesa da Baía de Guanabara. Ampliada e reforçada
através dos anos, recebeu oficialmente o nome de Fortaleza de São João (FSJ) em
24 de junho de 1618. A FSJ e as Baterias de São José e de São Teodósio foram
edificadas sobre a península oeste da barra, totalmente inacessível através do seu
costão externo e de acesso dificultado pelo escarpado do morro na parte posterior.
Durante o Império, foi construído um conjunto de 17 casamatas de pedra lavrada, com 1.40m de espessura, encimado por parapeito de granito e complementado por um grande paiol em forma de abóbada.
Na República, a Fortaleza de São João recebeu armamento moderno, mas as obras previstas não foram executadas.
A FSJ foi guarnecida por Batalhões de Artilharia de Posição e Grupos de Artilharia de Costa até 1991, honrando a memória de Estácio de Sá e dos heróis combatentes que deram berço à Cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro.
Na Fortaleza de São João já funcionaram a Escola de Aplicação do Exército (1855), a Escola de Aprendizes Artilheiros (1880), o Centro de Instrução de Artilharia de Costa (1934), o 1º Distrito de Artilharia de Costa (1934), o Arsenal da Urca (1944), o Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento (1970), a Companhia de Comando e Serviços e o NPOR do IME (1975), e a Bateria de Artilharia de Costa do CCFEx (1991).
O Reduto São José, de 1578, sofreu melhorias ao longo dos tempos.
O Imperador Pedro II, por volta de 1863, determinou que as fortalezas da entrada da
Baía fossem totalmente modernizadas.
Iniciou-se, sobre o antigo Reduto São José, uma obra monumental, em blocos de
granito, constituída de uma galeria com 17 casamatas, em pedra lavrada, encimada
por plataforma e parapeito com 1,40 m de comprimento e um paiol à prova das armas
da época, tendo suas pedras 2,00 m de comprimento.
Em 1872, o novo Forte São José é posto em serviço, artilhado com 15 canhões
Whitworth, de fabricação inglesa, calibre 32 e 70 libras. O Imperador veio, pessoalmente, à Fortaleza de São João para inaugurá-lo.
No paiol, atualmente, funciona o Museu Histórico da Fortaleza de São João.
O Museu Histórico da Fortaleza de São João está baseado em 18 painéis
autoexplicativos, com início nas Grandes Navegações empreendidas por Portugal, através da Escola de Sagres, e o Infante D.Henrique.
Um painel com um mapa do século XVIII mostra as fortificações construídas na
Baía de Guanabara para proteger a cidade.
Há bustos de Estácio e Mem de Sá e uma réplica, em resina, do Marco de Fundação da Cidade.
No teto, há 12 bandeiras históricas, que fizeram parte da vida política do Brasil, e a atual bandeira (existe uma régua com a sinopse de cada uma delas junto à entrada do Museu).
Há, também, canhões, balas, carroça de munição (Séc XIX), canoa indígena e
uniforme militar histórico.